Nguyên nhân dẫn đến những khó khăn trong kiểm soát an toàn thực phẩm của thức ăn đường phố là do tính thiếu tự giác, việc làm ăn gian dối của một số cơ sở kinh doanh, cũng như sự dễ dãi với nguy cơ mất an toàn thực phẩm của người tiêu dùng. Đáng lưu ý, chính sự dễ dãi của người tiêu dùng đã gây khó khăn cho cơ quan chức năng trong công tác quản lý. Mặt khác, những cơ sở kinh doanh thức ăn đường phố lại thường hoạt động ngoài giờ hành chính, khiến cơ quan chức năng khó kiểm soát triệt để. Mức phạt đối với việc vi phạm an toàn thực phẩm với các cơ sở kinh doanh thức ăn đường phố chưa đủ tính răn đe, chỉ từ 300 nghìn đồng đến 2 triệu đồng, cũng là nguyên nhân khiến việc quản lý hình thức kinh doanh này chưa hiệu quả.