Theo đánh giá của Bộ Y tế, hệ thống đào tạo nhân lực y tế của nước ta đang dạy lý thuyết quá nhiều. Vai trò của thực hành và cơ sở thực hành phục vụ cho đào tạo nhân lực y tế còn quá ít. Ngành y tế sử dụng nhân lực nhưng thực tế không được xây dựng chuẩn đầu ra, mà do Bộ Giáo dục và Đào tạo quy định.

 Bên cạnh đó, hạn chế hiện nay mà cơ sở đào tạo đang đối diện đó là chưa phân định rõ hệ nghiên cứu hay hệ hành nghề, các quy định về điều kiện đào tạo không đảm bảo tính đặc thù. Chương trình đào tạo chưa dựa trên chuẩn năng lực nghề nghiệp, chế độ chính sách cũng không phù hợp nên khó đáp ứng được nhu cầu hội nhập của ngành.